劳动者注册个体工商户后订立合作协议，是否能认定劳动关系，主要取决于协议内容和实际履行情况。如果合作协议中明确规定了工作内容、时间、报酬等劳动要素，且劳动者在实际中接受平台企业或用工合作企业的管理，为其提供劳动，并构成主营业务的一部分，那么这种关系可能更接近劳动关系。

然而，如果合作协议主要关注业务合作，未明确规定劳动要素，则可能更倾向于合作关系。因此，在认定劳动关系时，应综合考虑协议内容、双方实际权利义务以及劳动者的工作性质等因素。