单位因员工旷工扣除500元工资的做法可能并不合理。

按照《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。如果单位因员工旷工一天就扣除500元工资，那么这一数额很可能超过了当月工资的20%，因此可以被视为克扣工资的行为。另外，员工旷工当天，用人单位可以不支付工资，但除此之外，不应额外扣除工资，除非旷工行为给用人单位造成了经济损失。